Еврокомиссия условно одобрила в рамках правил государственной поддержки в сфере предоставления услуг общего экономического значения мальтийскую схему тоннажного сбора на период 10 лет. Эта схема призвана обеспечить равные условия для судоходных компаний Мальты и других стран Европы и способствовать регистрации судов в Европе.
В 2012 году Еврокомиссия начала анализ схемы тоннажного сбора на Мальте с целью изучения ее совместимости с правилами оказания государственной поддержки. Исследование показало, что некоторые положения первоначальной схемы нарушали правила господдержки. В частности, это касалось налоговых льгот для резидентов Мальты, а также того, что схема во многом распространялась на суда, не осуществляющие морские перевозки.
В результате Мальта обязалась внести ряд изменений в схему, чтобы предотвратить любую дискриминацию судоходных компаний и не препятствовать свободной конкуренции. Конкретно, Мальта согласилась ограничить эту схему морскими перевозками и исключить те налоговые льготы, которые представляют собой господдержку.
Согласно мальтийской схеме, судоходная компания облагается налогом, который рассчитывается исходя из нетто-тоннажа флота, а не из фактической прибыли компании.
Если судоходная компания хочет воспользоваться этой схемой, значительная часть ее флота должна ходить под флагом государства-члена Европейской экономической зоны. Любой новый участник этой схемы налогообложения должен иметь не менее 25% флота под флагом государства-члена Европейской экономической зоны.