На сегодняшний день полностью завершен процесс объединения администраций морских портов и государственных администраций морских рыбных портов в морских портах Мурманск, Калининград, Новороссийск, Таганрог, Находка, Владивосток, Петропавловск-Камчатский и Ванино. В остальных портах эта работа находится на завершающей стадии. Процесса объединения в оставшихся морских портах планируется закончить к июлю 2009г.
Как отмечалось на расширенном заседании Совета Росморречфлота, которое состоялось 26 мая, «задержка объединения вызвана рядом объективных причин, таких как неурегулированность имущественных вопросов, проблемы с финансовой отчетностью и передачей финансовых обязательств».
На данный момент 7 администраций морских портов приняли в свой штат работников присоединяемых администраций рыбных портов, в пяти процесс трудоустройства работников находится в стадии завершения. Всего планируется принять в штат АМП 518 работников администраций рыбных портов.
Несмотря на то, что до настоящего времени не все администрации рыбных и морских портов формально завершили объединение, с 15 января 2009г. все администрации морских портов фактически осуществляют административно-властные полномочия в отношении судов рыбопромыслового флота, а именно регистрацию рыбопромысловых судов и дипломирование членов экипажей судов рыбопромыслового флота.
«Процесс объединения проходил болезненно» подвел итог проделанной работе глава Агентства Александр Давыденко. «Но в целом реализация постановления Правительства Российской Федерации от 16 декабря 2006 года N773 «О совершенствовании системы государственного управления морскими рыбными портами», признана завершенной».