Подразделения, отвечающие за транспортную безопасность, предполагается создать в структуре Росавиации, Росжелдора, Росморречфлота, Росавтодора и Ространснадзора и их территориальных органах. Такая информация содержится в материалах к итоговой коллегии Министерства транспорта РФ. Предварительный бюджет уже определен.
Ранее в структуре Министерства транспорта уже был создан департамент транспортной безопасности и специальных программ, на который возложены функции по выработке государственной политики и регулированию вопросов обеспечения транспортной безопасности.